En Wittemberg los discípulos de Lutero empezaron a predicar contra el Papa. Quitaron las imágenes de los santos y cambiaron algunos de los usos de la Iglesia. Monjes agustinos salieron de su convento y adoptaron un oficio. Predicadores quisieron llegar a suprimir el bautismo. Lutero volvió entonces para hablar contra ellos y reanudó sus predicaciones (1522).
Poco a poco Lutero cambió la manera de celebrar el culto. Mandó hacer una parte del servicio religioso en alemán, suprimió las misas rezadas y las dedicadas a las almas del Purgatorio. Dió la comunión con la hostia y con el cáliz. Luego publicó una colección de cánticos en alemán. Suprimió la confirmación, la extremaunción y la confesión.
En algunas ciudades se hizo lo mismo. Fué lo que se llamó "hacer la Reforma". Los partidarios de Lutero, denominados luteranos, manifestaban predicar "el Evangelio puro" y acusaban al Papa "de haber alterado las reglas de la Iglesia mediante adiciones humanas".
El emperador, ocupado en la guerra con el rey de Francia, pidió a los príncipes y a las ciudades de Alemania que ejecutasen el edicto contra los luteranos. La mayoría de la Dieta manifestó que no era posible aplicarlo, porque sería escandaloso ahogar "la verdad evangélica" y mantener los abusos. El emperador reclamó, pero la asamblea pidió un concilio para hacer la reforma (1524). Mientras tanto, cada príncipe hizo lo que quiso en sus dominios.
Hubo en Alemania muchas agitaciones. Bandas de aldeanos se sublevaron a la vez contra los señores y contra los obispos. Pedían juntamente la abolición de las rentas y el derecho de los municipios de designar sus sacerdotes, a fin de hacer "predicar el Evangelio puro." La guerra de los aldeanos se extendió a toda Alemania del Sur y duró más de dos años (1522-25).
Exasperó a Lutero aquel levantamiento, que irritaba a los príncipes en contra de la Reforma. En un escrito dirigido a los aldeanos, decía: "Los súbditos no deben nunca sublevarse. Aun cuando los de arriba sean malos e injustos, ello no excusa una sublevación, porque no toca a cada cual castigar la maldad, sólo corresponde a la autoridad que tiene la espada por orden de Dios". Luego Lutero excitó a los príncipes contra los aldeanos: "Debéis herirlos, destriparlos, abrirlos en canal, como debe matarse a un perro rabioso, porque no hay nada más venenoso, que ofrezca mayor peligro, más diabólico que un hombre sublevado". Los príncipes y la nobleza atacaron a los aldeanos rebeldes, los dispersaron y pasaron a cuchillo.
El emperador habría querido reunir un Concilio para arreglar los asuntos religiosos en toda Alemania a la vez, pero el Papa se oponía a tal idea. El emperador habría querido asimismo que, entre tanto, no se variasen en nada los usos de la Iglesia, pero los príncipes pretendían tener el derecho de arreglar la organización de la Iglesia cada uno en su territorio.
Varios príncipes hicieron lo que llamaban la Reforma. Se incautaron para ello de los bienes raíces de las iglesias, cerraron los lugares de peregrinación, mandaron quitar las imágenes de lo santos, nombraron predicadores luteranos, permitieron que los monjes y las religiosas salieran de sus conventos. Los nuevos eclesiásticos cambiaron el culto. Suprimieron la liturgia en latín y la sustituyeron con oraciones y cantos en alemán. Muchos se casaron. Lutero se casó con una religiosa pobre.
Los príncipes dejaron de reconocer la autoridad de los obispos, y cada uno se condujo como cabeza de la Iglesia en su territorio. Nombraron inspectores que recorrieron las iglesias del país para introducir en ellas los nuevos usos. Lutero escribió par aun príncipe una liturgia, luego un catecismo en alemán que los otros príncipes adoptaron poco a poco.
Carlos V, a quien ocupaban sus guerras, había dejado correr las cosas, pero, una vez que hubo hecho paces con el rey de Francia, su hermano Fernando que gobernaba Alemania en nombre de él, intentó oponerse a la Reforma. La asamblea de los príncipes, reunida en Spira, ordenó devolver a los obispos sus bienes y su poder, y prohibió variar nada en el culto hasta que se hubiera reunido el Concilio. Los príncipes que habían hecho la Reforma en sus territorios protestaron en la Dieta de Spira contra esta decisión. Desde aquel momento los partidarios de la Reforma llevaron el nombre de protestantes (1529).
